Després de la Visita ad limina dels bisbes de la Tarraconense de 1986, la Congregació per a l'Educació Catòlica adreçava  a cadascun dels bisbes d'aquesta província eclesiàstica una carta en la que, entre altres coses feia aquesta proposta: "Tal vegada convingui, amb un esforç comú amb les altres diocesis germanes, constituir un Seminari Major pròpiament dit, és a dir, una comunitat relativament nombrosa de joves, tots animats pel mateix anhel del sacerdoci, sota la direcció d'un sol equip de formadors. Aquesta és la manera d'adaptar la formació sacerdotal a les noves condicions".

La Congregació urgia a l'arquebisbe de Tarragona, llavors el Dr. Ramon Torrella, "que es posi al davant de la iniciativa". Els responsables de la Congregació vaticana expressaven "som conscients que això requerirà una acció col·legial de profunda fraternitat episcopal".

L'arquebisbe Ramon Torrella va endegar un treball de conjunt amb els altres bisbes, en comunió fraterna, per una empresa que no era gens fàcil, perquè el seminari és un tema molt sensible.

Les diòcesis de Tarragona, Girona, Solsona, Urgell i Vic, a les quals més tard s'hi afegí Lleida van iniciar la formació dels seminaristes en comú el curs 1988-89, a l'edifici del carrer Casp 49, que fins llavors havia estat residència de les Religioses de Maria Reparadora.

A la reunió del 20 de juliol de 1988 tots els bisbes van delegar el doctor Torrella perquè presidís la marxa de la nova institució formativa, alhora que escollien Mn. Joan Busquets, del bisbat de Girona, com a rector, i Mn. Armand Puig, de l'arquebisbat de Tarragona, com a vicerector. Per a l'administració del SMI fou nomenada la senyora Montserrat Mer, del bisbat de Girona.

Han estat també rectors de la casa Mn. Jordi Orobitg, del bisbat de Solsona, i Mn. Norbert Miracle, de l'arquebisbat de Tarragona que ho és en l'actualitat; i vicerectors Mn. Josep Casals, Mn. Joan Pujol, Mn. Jordi Figueras, Mn. Pere Oliva i actualment Mn. Jaume Casamitjana, del bisbat de Vic